Esse "wubi" é uma maneira de instalar o Ubuntu "por dentro" do Windows, ou seja, instala como se o Ubuntu fosse um programa. Não que você tenha que entrar no Windows para rodar o Ubuntu, não é isso. Apenas é instalado como todo programa de Windows é: com dois cliques sobre um .exe. Muito embora seja super simples instalar o Ubuntu por esse processo, ele não lhe dá controle total sobre a instalação.
A outra maneira de instalar seria reiniciando o pc com esse cd do Ubuntu no drive. Desse modo, o pc dará o boot pelo cd (desde que a bios esteja configurada pra isso), e você poderá rodar o Ubuntu diretamente do cd e depois instalá-lo. Nesse caso, você terá a opção de escolher o sistema de arquivos, criar e excluir as partições que quiser, etc. Se você quer, mas não sabe particionar um hd, pesquise aqui mesmo no fórum ou na documentação do Ubuntu sobre processos de instalação e particionamento. Mas se você quer simplesmente instalar, garantindo que o Windows não seja apagado (ou não haja esse risco), sem se importar com o espaço de hd reservado para o Ubuntu, por exemplo, instalar via Wubi é uma boa opção.
