Esse é um caso deveras complicado. Quando isso acontece por aqui (o que é raríssimo, tendo em vista que tenho mais ou menos os mesmos programas instalados desde sempre e não fico instalando e desinstalando coisas, fazendo experiências arriscadas com kernel, etc.), adoto a "solução à la Windows": reinstalar o sistema. Como mantenho meus arquivos parte num HD externo, parte no Dropbox, isso pra mim não é problema.
Além do mais, a versão 12.10 é realmente a mais "bugada" de todas. Muita gente quer conhecer o Ubuntu, aí baixa a versão 12.10, instala, vê os bugs e acaba saindo dele. Isso já não acontece com os usuários mais experientes, que sabem como resolver (ou pelo menos contornar) os problemas por conta própria, mas pra quem está começando, pode ser um tormento.
Logo, minha sugestão é a reinstalação - inclusive sugiro o 12.04 LTS ou que aguarde o 13.04, que será lançado em breve.