Tem problema vc formatar o Windows?
Maneira mais pratica e sem dor de cabeça, formata o HD inteiro deixa ele "limpinho", instala o windows primeiro e define o espaço dele, depois o linux e define o resto dos espaços.
Maneira mais "embaçada", que o que vc esta tentando dividir o tirar o espaço do windows, se vc estiver com o vista ou o seven, ele mesmo faz o trabalho de dividir o HD na area ferramentas do sistema, mas para isso precisa resolver todos os problemas do windows primeiro, ele precisa estar todo funcional e com o HD todo desfragmentado.
Para dividir o HD pelo o windows eu ja usei um software especifico muito bom chamado EASEUS Partition Manager, existe uma versão free dele que vc pode arrumar aqui
http://www.partition-tool.com/download.htm A melhor opção de redimensionar o espaço do windows é pelo proprio windows
Dividir a home com o windows não é nada demais, o windows não chega a danificar a home, ou sujar ela ele cria alguns arquivos para recolher informaçãoes sobre o HD e preferencias que não aparece no windows pq fica oculto, mas aparece no Linux, mas nada que atrapalhe é forma dele trabalhar com o HD.
Se vc deixar a home somente para o Linux o windows não vai ter acesso, se vc ainda usa os 2 sistemas, tenho preferencia que ambos fiqem funcionais e tenho tudo a minha disposição tanto no linux quanto no windows. Fica a teu criterio.