Depende muito de como você liga este 3o. HD.
Colocar um HD na máquina pode mudar algumas coisas, e trazer problemas, ou o próprio HD pode ter problemas.
Você consegue usar o LiveCD com os 3 HD's?
Se sim poderia executar o comando sudo fdisk -l na máquina com três HD's e depois com dois, e ai colocar as duas respostas aqui.