O ccsm nem precisa ser aberto pelo terminal. Pode ser pelo ALT+F2 mesmo. Os efeitos devem ser ajustados, então só clicar os quadradinhos não adianta muito. Você deve clicar sobre os nomes dos efeitos para customizá-los. Para o cubo funcionar, você deve ir em opções gerais no ccsm e na aba tamanho da área de trabalho selecionar quantas faces você quer nas opções tamanho virtual e número de áreas - de forma que o cubo, na verdade, pode ser um pentágono, um hexágono... Depois, você deve selecionar as opções cubo da área de trabalho e girar cubo, e customiza-las, na base da tentativa.
Quanto ao mouse que faz girar a área de trabalho, quando você ativar o cubo, olhe na seção girar cubo e veja os comandos na seção girar cubo na aba atalhos. Deve ser isso.