No MySQL você "joga" os dados com comandos SQL pelo Terminal (Consola) de sua plataforma operacional.
Você manda criar um banco de dados com:
CREATE DATABASE meu_banco;
Logo uma tabela:
CREATE TABLE minha_tabela <
-> primeiro_valor INT NOT NULL PRIMARY KEY auto_increment,
-> segundo_valor VARCHAR(30) NOT NULL;
São comandos SQL, existem excelentes apostilas sobre isto na net.
Se você tem interesse em trabalhar com PHP, existe um sistema desenvolvido em PHP para "administrar" via browser o MySQL, o chamado PhpMyAdmin, excelente aplicativo (gratuito), que para rodar localmente necessita apenas do PHP, MySQL e Apache.
A segurança, velocidade, praticidade, e portabilidade do MySQL deixa o IIS da Micro$oft comendo poeira!