Quanto ao centro de controle:
Esta idéia de usar e personalizar o Webmin foi realmente um achado por parte da Conectiva. De certo modo era uma "parceria" bem próxima a que existe hoje entre o Ubuntu e o Gnome ou entre o Ubuntu e o Debian, com a troca de contribuições em benefício recíproco. Além disso, o Webmin é um excelente centro de controle, escolhido várias vezes como o melhor na categoria e com um estilo de desenvolvimento bastante consistente. Seria o caso da própria comunidade iniciar um projeto no sentido de portar adaptar o Webmin às necessidades de um centro de controle para o Ubuntu, completando traduções e construindo novos módulos.
Quanto ao terminal:
Eu sempre sou favorável a que se facilite as coisas para o principiante, mas nunca de um modo que restrinja as opções do usuário experiente. O próprio APT obedece esta filosofia, pois permite que se ignore as dependências quando o usuário assim o desejar.
No caso específico do terminal, acho que é preciso sempre ter uma opção em interface gráfica para as tarefas quotidianas, inclusive de administração. Mas o terminal deve estar sempre a postos para facilitar a vida de quem conhece os comandos melhor o sistema e sabe quais são os comandos certos para solucionar os seus problemas. Até pelo fato de que são tantas as opções de comando que nunca um configurador gráfico - por melhor que ele seja - parecerá tão confortável ao usuário experiente quanto um terminal.
