Acredito que lhe falta os plugins necessários, como o java e o flash, como foi dito acima, mas, em especial, faça o seguinte teste:
Em uma maquina windows, instale o firefox e, em seguida, os plugins necessários.
Então, faça o teste e veja se a incompatibilidade é com o Sistema Operacional ou com o Browser (FIREFOX). Se funcionar, então esquece o problema de só funcionar com o internet explorer, e eu acredito que irá funcionar.
Ai, seu problema é quase certo a falta do plugin necessário ou alguma configuração do mesmo, ou, remotamente e, muito remotamente, o Linux (Duvido muito, mas mesmo que seja, tem solução).
Se não funcionar o teste acima, ai seu problema não é o linux, é por que o site só funciona no Internet Explorer mesmo.
Se esse for o caso, pode esquecer, se não funcionou com o firefox ou o Opera no windows, no linux é que não vai mesmo, nesse caso, deve mesmo continuar com o windows, pelo menos em uma VM dentro do linux, para acessar todos os recursos desse site.