Olá, tenho um problema semelhante, mas é raro acontecer. Eu notei que isso costuma acontecer quando estou usando o Firefox. Normalmente quando vou fechar alguma aba, mas pode ser em outros momentos também, não lembro. Quanto a visualizar a partição do Ubuntu, ou Linux em geral, no windows, você irá precisar de um programa que instale os drivers de reconhecimento do formato Ext3. Eu usava um programa, quando eu usava o windows. Vou dar uma pesquisada e já posto aqui o nome.