Acho que achei a solução para trocar o nautilus pelo pcmanfm mas ainda não testei.
Entre no gerenciador de arquivos como root, procure a pasta /usr/share/applications/ e dentro dela existirão 4 arquivos a serem editados.
Os arquivos são:
nautilus-computer.desktop
nautilus.desktop
nautilus-folder-handler.desktop
nautilus-home.desktop
Abra os mesmos com seu editor de textos favoritos, procure pela linha Exec= e troque nautilus por pcmanfm.
Vou testar essa dica depois, mas quem puder ver...