Outro dia também tive problemas similares, não lembro a mensagem, muito menos se era a mesma.
Fiz o seguinte... Antes de iniciar a instalação eu abri o gparted (usando o terminal)
sudo gparted
Criei todas as partições que iria usar, e apliquei e só então eu iniciei a instalação.
Quando chegou no particionamento eu apenas defini qual seria o ponto de montagem de cada partição sem formatar.