o Windows e o Linux usam Sistemas de Arquivos diferentes. O windows Usa o NTFS e o Linux usa o EXT4. Ao instalar o LINUX no primeiro HD o sistema de arquivos desse HD passou a ser EXT4. O LINUX ler partições NTFS nativas do Windows, mas vc precisa configurar caso queira gravar nelas. Por isso, vc não consegue deletar. Vc tem intenção de manter esse outro HD em NTFS?
Vou te mandar meu zap no privado se quiser trocar maiores informações a respeito.