Nada de Samba... vc vai usar LAMP (Linux, Apache, MySQL, PHP).
Esse sistema vai ser fechado (entregue pronto e o usuário só "usa"), ou aberto (entregue de forma que os usuários vão alterar e/ou incluir partes nele)? Pq dependendo de como for, vc pode ou não dar algum acesso às páginas dele pros usuários, e aí pode ser que vc precise de um servidor Samba ou não.