Criar pen drive bootável não é uma tarefa trivial. Já experimentei fazer isso no Mac OS X, via terminal, e no Windows, via Unetbootin e pelo que percebi, o aplicativo mais tranquilo é o próprio criador de disco de inicialização, existente em distribuições como debian e ubuntu.
No caso em questão, acredito que a melhor coisa a se fazer é colocar o arquivo com a imagem do ubuntu a ser gravada no pen drive dentro de uma pasta e iniciar download, via torrent, da mesma versão da imagem, indicando como local de salvar exatamente a mesma pasta em que está a imagem "corrompida". Assim, se estiver mesmo corrompida o torrent irá completá-la (fiz isso usando o bitTorrent do Ubuntu e do debian, mas acredito que funcione com o utorrent do Windows).
Depois, grave novamente a imagem dentro de um pen drive de pelo menos 1GB, usando o Unetbootin do windows. Se tiver um CD do Ubuntu, de qualquer versão, você poderá carregar o sistema em um desktop qualquer e a partir disso, usar o aplicativo de criação de disco de inicialização para gravar a imagem "corrigida" dentro de um pen drive.