Deve ser algum bug ou algum problema com a sua internet. Teve uns dias em que essa mensagem aparecia direto, mas a pessoa com quem eu estava conversando conseguia receber as mensagens. Passaram-se mais uns dias e depois essa mensagem sumiu, e agora está funcionando normalmente.
O meu emesene é atualizado por um PPA que eu achei no site OMG! Ubuntu!, mas já faz um alguns meses que eu fiz esse update.