Se vc está no windows e quer transferir arquivos de/para o Linux, use o pacote PuTTY, que traz o programa "pscp". Esse programa funciona em linha de comandos, e permite copiar arquivos de uma máquina pra outra da mesma maneira que o comando "scp" do Linux.
Se vc está no Linux e quer fazer o mesmo, eu imagino que a maneira mais fácil é criar um compartilhamento, e acessá-lo pelo gerenciador de arquivos. Daí vc vai poder enviar ou receber arquivos, como se estivesse em outra máquina windows.