Você tinha esse problema em outras versões do Ubuntu. Pois no 12.04 alguns problemas com multimedia estão fazendo com que ocorram inatabilidades. Postei em alguns tópicos soluções para corrigir alguns erros. O libdvdcss2 está dando problema em algumas instalações e isso pode fazer com que ocorrão erros na reprodução de vídeos. Todo sistema recém lançado apresenta algumas instabilidades, depois de algumas atualizações o erro é corrigido.
Se for o seu caso e estiver usando o 12.04 dê uma olhada nesse tópico aqui
http://ubuntuforum-br.org/index.php/topic,94872.0/topicseen.htmlalgumas possíveis soluções foram apresentadas.
Não são normais esses erros de conversão que está falando. Eu utilizo o Ubuntu pra edição, autoração e conversões simples a anos e nunca tive problemas.
Dê uma olhada nesse vídeo que produzi
http://www.youtube.com/watch?v=8a5xiRCY-Cw Verá que não falta qualidade para se converter e criar vídeos. Esse vídeo aí está em avi, mas já foi mpeg2, mp4 e flv com áudio em mp3lame, foi redimencionado com avidemux, teve áudio separado pelo winff, tratado com audacity e embutido novamente com OpenShot e reeditado, ou seja, foi revirado do avesso mantendo sempre a qualidade.