Toda vez que você usa o comando apt-get update, ou clica em recarregar no synaptic, o sistema acessa o arquivo sources.list, verifica os endereços dos repositórios, confere se os repositórios estão disponíveis e por fim mostra e mensagem do que vai ser alterado ou baixado. Então, se essa mensagem está sendo mostrada é porque existe alguma linha do sources.list com o endereço desse repositório indisponível.
No synaptic, na opção de repositórios (que simplesmente carrega os canais de software), as linhas existentes no sources.list são exibidas, sendo que a marcação na caixa de seleção significa que estão ativadas (desativado corresponderia o caractere # no começo da linha)
Então, sem mais delongas e procurando uma solução:
gedit /etc/apt/sources.list
Copie e cole na sua resposta o conteúdo desse arquivo. Assim, poderemos analisar o que está acontecendo.