Se você instalar primeiro o ubuntu corre o risco de o windows sobrescrever o grub com seu bootloader, já que na instalação do windows não existe a opção de determinar o local.
Então, nesse caso, você deve tentar assim:
1) Inicia uma sessão live-cd e formata os dois HDs, sendo que o primeiro você formata em NTFS (sugiro uma divisão de duas partições) e rotula como windows a partição para a instalação do mesmo. O segundo, você divide em três partições, sendo / e /home em EXT4 e outra de swap;
2) Inicia a instalação do windows. Como você particionou o segundo hd em sistemas de arquivos que o windows não lê, a instalção automaticamente será indicada para a partição NTFS do primeiro HD.
3) Depois de concluída a instalação do windows, inicie uma sessão live-CD, confira no gparted como ficou a instalação do windows (/dev/sd???) e instale o ubuntu nas partições criadas no segundo hd, com a opção avançada.
o importante é observar qual é o primeiro HD do sistema e instalar o ubuntu no segundo, finlizando com a definição do grub para a MBR desse segundo HD. Assim, depois de instalado, você pode modificar na bios a opção de prioridade de boot dos HDs, deixando o HD do ubuntu como o primeiro.