Você usou o ext4 certo?
Você vai precisar de um Live-CD, do 11.04 mesmo serve, entrar no terminal e mandar ele checar o sistema de arquivos pra você!
Você vai precisar saber qual o número e a letra da partição! Pra isso você faz como root:
sudo fdisk -l
Daí ele vai listar suas partições!
Vou colocar um exemplo com meu HD do sistema:
root@galactus-home:/home/galactus# fdisk -l
Disco /dev/sda: 1000.2 GB, 1000203804160 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 121601 cylinders
Unidades = cilindros de 16065 * 512 = 8225280 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Identificador do disco: 0x3448e2e7
Dispositivo Boot Início Fim Blocos Id Sistema
/dev/sda1 * 1 13 102400 7 HPFS ou NTFS
A partição 1 não termina no limite do cilindro.
/dev/sda2 13 17848 143259648 7 HPFS ou NTFS
A partição 2 não termina no limite do cilindro.
/dev/sda3 17849 23585 46076929 5 Estendida
A partição 3 não termina no limite do cilindro.
/dev/sda4 23585 121601 787318784 7 HPFS ou NTFS
A partição 4 não termina no limite do cilindro.
/dev/sda5 17849 23447 44972032 83 Linux
/dev/sda6 23447 23585 1103872 82 Linux swap / Solaris
O que me interessa aqui é a partição /dev/sda5! Note que a sda6 é a Swap, essa você não precisa checar! E as outras são NTFS!
As que foram formatadas em ext4 você executa o comando:
sudo fsck.ext4 -f -D /dev/sdxy
Onde no x vai a letra e no y vai o número da partição em questão!
Não é difícil mas você precisa saber alguns comandos básicos de sistema de arquivos!!
Depois reinicie a máquina e veja se tudo voltou ao normal!