No Jaunty tem uma opção em "sistema - administração (acho que é isso), que é "mantenedor do sistema", é tipo um "limpeza de disco" do Windows, você executando, ele limpa todos os arquivos não utilizados do Ubuntu, inclusive as entradas de kernéis antigos.
Agora é o seguinte: comigo funcionou, porém não garanto que funcione com todo, por ser um aplicativo novo e em fase de testes. E mais, só vai adiantar pra quem tiver utilizando o Jaunty Alpha 6.