Olá
Na distribuição GNU/Linux aptosid que é baseado no ramo instável do Debian, isto é o Debian sid, tem uma justificativa para usar somente o apt-get.
Razões para NÃO usar nada além do apt-get para um dist-upgrade
Gerenciadores de pacotes como adept, aptitude, synaptic e kpackage nem sempre dão conta da quantidade enorme de mudanças que acontecem no sid ( mudanças nas dependências, nos nomes, nos scripts de manutenção...).
Não é culpa dos desenvolvedores daquelas aplicações. Essas ferramentas são fabulosas, excelentes para o ramo 'estável' do Debian, só que não estão aptas para lidar com as necessidades muito especiais do Debian sid.
Use qualquer um deles para procurar pacotes, mas fique com o apt-get na hora de realmente instalar/remover/atualizar o sistema.
Gerenciadores tais como adept, aptitude, synaptic e kpackage são, no mínimo, não-deterministas (para uma seleção de pacotes complexa). Misture isso com um alvo sempre móvel, como é o caso do sid, e (pior ainda) com repositórios não oficiais de qualidade questionável (não usamos nem recomendamos, mas eles são uma realidade nos desktops) e você estará clamando por desastre.
Já o apt-get faz estritamente o que é pedido a ele. Se houver algum problema, fica fácil localizar o erro para depuração/correção; se o apt-get quiser remover metade de seu sistema (devido a transições nas bibliotecas), é só chamar o administrador (quer dizer, você mesmo) para dar, no mínimo, uma olhada séria (e consultar os Avisos na página do aptosid, não se esqueça).
http://manual.aptosid.com/pt-br/sys-admin-apt-pt-br.htm#apt-cook