É uma pergunta boba, e talvez já tenha sido respondida aqui, mas não encontrei um tópico, por isso pergunto.
No windows eu usava o CCleaner pra fazer limpeza de arquivos temporários, registro, lixeira, etc.
No ubuntu, fui usar o mantenedor de sistema (acho que é esse o nome) e ele apagou todos os meu programas instalados via pacotes .deb, além de algumas outras coisas importantes, visto que o sistema começou a ficar esquisito e dar erros a ponto de eu achar mais fácil simplesmente formatar, já que sou iniciante.
Como fazer uma limpeza corretamente, sem apagar nada indesejado?