O problema das atualizações de uma versão pra outra é que fica muito "lixo" da instalação anterior e, qdo vai se dar um "apt-get autoremove" para se livrar dos pacotes inúteis pode bagunçar o sistema inteiro. Já vi isso acontecer várias vezes, com os tais arquivos obsoletos ou mesmo os "órfãos" que, basicamente não deveriam interferir no sistema qdo retirados, acabam sim ferrando o sistema todo ou, no mínimo, criar "defeitos" em alguns setores, como impressão ou sistema de som.
Há aqueles que conseguem levar a bom termo tal tipo de atualização, mas eu ainda prefiro a boa e velha instalação do zero.