Como foi instalado??
Você fez um dual boot ou instalou ele dentro do windows semelhante a instalar um programa???
Como você diz ter criado duas partições NTFS, isso independe do Ubuntu, ele utiliza outros tipos de formatação(ext4, ext3 por exemplo).
Para criar um dual boot, primeiro você terá que iniciar o sistema pelo cd, sendo assim tem que se certificar que seu pc/note esta configurado(na bios) para dar boot pelo cd.
De mais detalhes para que o pessoal do fórum possa ajudar.