Então vamos lá:
Primeiro abra o terminal e digite o comando:
rm ~/.local/share/zeitgeist/activity.sqlite
Depois, o seguinte:
zeitgeist-daemon --replace
Feche o terminal e reinicie a sessão. Quando entrar novamente na sua sessão, verá que o histórico estará limpo.
Abra o terminal novamente, e digite:
sudo su
nautilus /home/usuario/.local/share/zeitgeist
(lembre-se de trocar o “usuario” do comando acima pelo nome de sua pasta de usuário)
Ache o arquivo “activity.sqlite” e com o botão direito do mouse, vá em Propriedades → Permissões. Agora basta alterar as permissões. Em “Dono” coloque “root” e “apenas leitura”. Em "Grupo", coloque “apenas leitura”. Feche e reinicie a sessão.
Certamente existe um modo bem mais simples de se fazer isso, porém, esses foram os procedimentos que eu fiz. E deu resultado.
Abraços!