Passei e to passando um perrengue com o 11.4 pensando seriamente em voltar pro 10.10...
Bom resolvi esse ai pelo compiz/gerenciamento de janelas/alternador de aplicativos (bastou marcar ele)
Não sei se é esse o seu caso....
OBS: eu desativei o unity, desktop wall abilitei o openGL, compatibilidade Gnome, compiz library toolbox, e to usando o ubuntu na versão classica.
por enquanto...