É pior. Tirar permissão de execução dos diretórios vai deixá-los inacessíveis. E eles vão continuar com permissão de escrita pública, que é o motivo dos programas se recusarem a funcionar (permissões inseguras).
Agora, uma coisa que está me chamando a atenção: o que faz seu phpmyadmin no /opt? Quando instalado por pacotes, ele fica em /usr/share, não em /opt.
Pra falar a verdade, os únicos pacotes que vejo em minha máquina que são instalados em /opt são o BrOffice (que eu instalei manualmente), o openoffice (que veio no sistema) e o Acrobat Reader (instalado manualmente).
O que mais vc tem em /opt, Thiago?