Olá, antes da actualização o compiz e o nvidia-settings trabalhavam bem?
Se sim, quer dizer que o nvidia-kernel-dkms não está instalado, e sempre que há actualizações de imagens kernel, vai dar-te problemas.
Meu conselho é desinstalares o controlador e volta-lo a instalar junto com o nvidia-kernel-dkms, ou antes de voltares a instalares o controlador, primeiro instalas o nvidia-kernel-dkms.
apt-get install nvidia-kernel-dkms
Abraços.