Depende.
Resposta conservadora:
NãoÉ o seguinte: Você está falando sobre segurança no sentido de invasão ou no sentido de uma atualização quebrar tudo?
No sentido de invasão, é inseguro. Assim como qualquer pacote de terceiros. Você nunca sabe o que o código está realmente fazendo. A um tempo atrás, teve um tema no site
www.gnome-look.org que não instalava, mas ele colocava um script no seu computador pra ficar fazendo ataque DOS em um site (põe tempo nisso), mas nada que danificasse seu sistema.
Pegar o controle eu acho pouco provável, porque não conheço nenhum que peça a senha depois na hora de rodar o programa.
No sentido de uma atualização quebrar o sistema, também é inseguro. O próprio wine 1.3.9 que eu uso, pode conter uma falha e parar de funcionar qualquer programa que você a ter instalado que seja rodado pelo wine.
Se você sabe de quem você está pegando o repositório é menos problemático. Ex:
Qualquer repositório que você encontre nos sites
Webupd8 ou no
OMG! Ubuntu são "confiáveis" (eles não dão garantia).
Conclusão: Pegue repositórios sempre de fontes confiáveis!
Entendeu?