Rode o programa via wine a partir do terminal, veja os erros que dá, e vá corrigindo.
Uma .dll faltante, o tema do Gnome incompatível ( caso não seja o padrão ), efeitos especiais do compiz ativados ou não, etc, etc,.
Apenas por experimentação é possivel resolver, pois parece que o programa roda via wine, mas algo em relação a video ou ambiente grafico está apresentando o sintoma. E este pode ser do/no wine ou do/no Ubuntu.
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