Para deixar o paneis do gnome transparente (Superior - Menu do Ubuntu) e inferior (barra de janelas e areas de trabalho) faça:
Clique com o botão direito do mouse em um lugar livre do seu Desktop. Aparecerá um menu.
Selecione alterar plano de fundo.
Abrira a Janela Preferencias de Aparência. Selecione a aba Tema. Selecione o Tema ClearLooks. Sempre de preferencia aos temas Clear. Clique no botão fechar.
Deixando os painéis gnome Transparentes.
Agora com o mouse clique no painel gnome superior com o botão direito. Abrira um menu, selecione propriedades. A Janela propriedades do painel e aberta, selecione a aba Plano de Fundo. Selecione cor solida e deixe o controle estilo em transparente. Clique no botão fechar e pronto. Repita estes passos para o painel gnome inferior.
O painel superior fica totalmente transparente. O inferior não fica devido aos ícones da lixeira exibir desktop e áreas de trabalho.
A barra de icones de aplicativo e o Avant window navigator.