Se você quiser restaurar o painel como era na instalação faça o seguinte:
São três comandos.
Abra um terminal e digite cada linha e tecle enter.
$ sudo gconftool --recursive-unset /apps/panel
$ sudo rm -rf ~/.gconf/apps/panel
$ sudo pkill gnome-panel
OBS: Ao executar os comandos, se você adicionou algum link para algum programa no gnome-panel, terá de adicioná-lo novamente. Realmente o procedimento retorna o gnome-panel exatamente como ele era quando você instalou o Ubuntu.