Vc também pode dar boot com o LiveCD, e usar o Gparted pra particionar o HD do seu jeito antes de instalar.
Eu sempre recomendo que, se o Ubuntu (ou qq outro Linux) for ficar sozinho no HD, vc crie 3 partições: uma para swap (pequena, do mesmo tamanho que sua RAM), uma para a raiz do sistema (15-20GB), e outra para os arquivos pessoais (/home) com o espaço que sobrar. Todas elas podem ser primárias ou lógicas (recomendável, pois facilita pra criar outras partições mais tarde).
Se a máquina for ser usada como servidor, é bom criar uma quarta partição (também pode ser primária, mas é melhor que seja lógica), para o "/var", também com 20-30GB.