Rootkit é uma coisa, vírus é outra, uma terceira é vírus.
Não existe vírus funcional pra linux. Não existe verme funcional para linux no mesmo estilo que existe no windows.
Sim, existem vários rootkits para linux, e boa parte deles são pra Ubuntu, já que é uma das distribuições mais usadas (se não a mais usada de todas).
Mas rootkit não é malware multisistema, até pq isso não existe. Todo rootkit busca especificamente uma vulnerabilidade pra explorar, o que significa que eles são voltados especificamente para uma versão de sistema operacional, e muitas vezes pra uma versão específica de kernel.