O melhor lugar para tirar duvidas do FB é no forum brasileiro
http://www.firebase.com.br/fb/Tenho 3 servidores Ubuntu rodando o FB e é infinitamente melhor e mais rápido do que no tal windows...
Normalmente estes problemas são relacionados ao caminho ou a permissões do seu banco de dados.
Lembre-se que maiúsculas e minúsculas no Linux são diferentes.
Não use \ (barra invertida) para especificar o caminho do banco de dados, use somente barra normal "/" e de como caminho completo de onde esta o seu banco de dados com o IP antes e dois pontos, como por exemplo localhost:/home/usuario/banco.fdb
Veja se o usuário firebird e grupo firebird tem acesso de escrita e leitura no arquivo que é o seu banco de dados, na duvida, para testar, de permissão de leitura e escrita para todos no arquivo que é o seu banco de dados...
Verifique o firewall se a porta 3050 não esta bloqueada (normalmente no ruidows ela sempre esta!)