se na instalção voce tiver separado sua /home em outra partição, voce não perde nada, e quanto a instalação, fica beleza, cê não vai nem sentir diferênça. até mesmo o visual do desktop fica o mesmo.
eu ja fiz varias vezes isto aqui. e hoje uso a versão 32bit, a 64 tá precisando melhorar muito.
ai voce só formata a partição que contem o sistema instalado, preservando a partição do /home e a do /windows se tu tiver ele instalado.