E este o melhor caminho acredito, se for U3 claro, eu não conheço nenhum programa que permita acesso U3 no Gnu/Linux.
Depois que salvar seus dados formate.
E se precisar criptografar pode usar o Truecrypt que permite acesso no Gnu/Linux é Windows.
Se precisar de programas portateis para Linux a alguns mais são poucos.