Também não entendi direito a dúvida.
Para abrir um programa no terminal, basta digita o nome do programa pelo qual o sistema o reconhece.
Por exemplo:
Abrindo o terminal em acessórios, digitando audacious2, lança automaticamente o player de música audacious 2
outro exemplo:
para abrir em sequência: o driver de áudio oss mais o doxbox (emulador do dos), basta digital assim:
aoss dosbox
Mas para lançar desta forma tem que ter se saber como é o nome do aplicativo que o sistema reconhece.
Todos os programas instalados no Ubuntu, fazem parte do menu.
Uma outra alternativa de lançar programas mais facilmente é no colocar no painel o aplicativo "executar aplicativo", bastando para isto clicar com o botão direito do mouse no painel (+adicionar ao painel") e por aqui dá para saber os nomes pelo quais os programas são reconhecidos pelo sistema, e este aplicativo também traz a opção de executar em um terminal.
E tanbém existem outras opções de adcionar ao painel, tais como aplicativos personalizados.
Como o Ubuntu é muito rico em repositórios, sempre estou instalando novos programas, e no entusiasmo as vezes me perco, e para isto uso este aplicativo para localizar o novo programa.
Mas o melhor é aprender sobre a estrutura dos programas, e lançar direto por aí, mas a vantagem do linux é que você pode personalizar tudo da forma que quiser.
E existem mais métodos também, como colocar um lançador do terminal no próprio painel.