Pesquisei o assunto e aqui seguem algumas considerações a respeito.
O problema esta na compatibilidade das permissões do programa "mail-notification" (Notificações de mensagem) que vem na central de programas do Ubuntu.
Para pop3, após a instalação do programa certas condições de portas e proteção ficaram desabilitadas; não era possível configurar por exemplo a porta 995 SSL/TLS através do seu botão adjacente.
Por isso a solução foi remover completamente o programa do computador e a seguir reinstalar o mesmo de acordo com as instruções da paginá:
https://launchpad.net/~mail-notification-ssl/+archive/ppa Com isso as 3 opções para contas pop3 são ativadas e podem ser configuradas.
A seguir é só configurar o "mail-notification" cujo ícone de ativação esta em Sistema--> Preferências--> Notificações de correio, adicionando os dados que usou nas configurações das suas contas no Thunderbird (portas, proteção etc.) e escolhendo se quiser um som tipo .wav que por exemplo pode ser encontrado em arquivo no OpenOffice (Gallery).
Observação:
Isso viabiliza o funcionamento de um alerte quando um novo e-mail esta chegando e pode então abrir o Thunderbird para ler as mensagem.
Mas há um porem; dependendo dos provedores onde tem contas de e-mail, em alguns caso não conseguira ler seus e-mail recém chegados.
O programa age como se o e mail tivesse sido recebido e apaga o mesmo do servidor, e quando for abrir o Thunderbird para ler a mensagem ela não sera disponível pois terá sida apagada do servidor que terá considerada a mesma como já lida quando o programa "mail-notification a detetou.
O caso é tipico para quem tiver por exemplo uma conta de e-mail no Bol que não mantem mensagem mesmo que o Thunderbird foi parametrizado para isso!
Tópico: Thunderbird notificador (resolvido) - Nova solução (Lida 5072 vezes)