Com usuário da instalação dê:
sudo mkdir nome-da-pasta
Agora, se quiser pela parte gŕafica, no terminal digite:
sudo nautilus
ou aperte alt + f2 e digite:
gksu nautilus
Para criar arquivos pelo terminal:
touch nome-do-arquivo.extensao
(se você criar a pasta com o sudo, terá que digitar "sudo" antes do "touch")