Antes de mais nada, não sou técnico. Portanto, o que vou te dizer não tem viés técnico -- sou apenas um usuário de Ubuntu há pouco menos de um ano.
Eu tenho, tanto no desktop quanto no netbook, o sistema em dual boot (com 9.10 Desktop e Vista no desk e 9.10 UNR e XP no netbook). E eu trabalho da seguinte forma: as partições do Linux são EXT4 desde a 9.04 (início de maio) e, é claro, NTFS nos Windows.
Como uso muito pouco o Windows (só para sincronizar agenda e contatos do meu celular e também para manter meu catálogo de músicas pois o programa que uso para isto não tem similar no Linux), tenho muitas pastas no Ubuntu mas o equivalente ao "Meus Documentos" fica na partição do Windows (NTFS, portanto) para que eu possa acessá-la tanto no Linux quanto no Windows. O único problema, até agora, em manter estes arquivos no NTFS é que, quando apago arquivos desta partição no Linux, eles não vão para a lixeira (eles sempre são apagados em definitivo).
Já vi que alguém reclamando que usar intensamente partições NTFS no Linux prejudica a performance mas, no meu caso, isto não foi perceptível.
No princípio, o pessoal fazia algumas restrições ao EXT4 (principalmente por ser novo e, portanto, com maiores riscos) mas parece que agora já estabilizou.
Outra dica: quando comecei a usar este esquema de NTFS no Linux, eu tinha que montar a partição a cada vez que entrava no Ubuntu. Aí, achei um pequeno tutorial no fórum e isso resolveu a situação. A dica está no post
Partição não carrega ao iniciar o ubuntu.
E, para completar, hoje os meus discos estão divididos da seguinte forma:
**Desktop** (HD de 250 GB, com Vista e Ubuntu 9.10 Desktop) -- Vista: 160 GBytes
-- Ubuntu:
- Swap: 2 GBytes
- uma partição EXT4 com 20 GBytes montada em /
- uma partição EXT4 com 60 GBytes montada em /home
**Netbook** (HD de 80 GB, com XP e Ubuntu 9.10 UNR) -- XP: 40 GBytes
-- Ubuntu:
- Swap: 1,5 GBytes
- uma partição EXT4 com 10 GB montada em /
- uma partição EXT4 com 25 GBytes montada em /home
(No princípio, preocupado em não faltar espaço para o sistema, deixava a partição montada em / com bastante espaço mas este que deixei nesta última instalação dá com sobra. Hoje, eu só uso 4,7 GBytes dos 20 GB no desktop e 3,8 GB dos 10 no netbook.)
Um abraço.