Ola,
Muito provável que seu hd tenha sido marcado como "sujo".
O mais seguro é ir com ele a uma maquina com windows e passar um scandisk completo ( chkdsk -r )
dá para fazer no GNU/Linux, mas é mais seguro via windows.
isto é normal nas partições Fat, pois o Windows simplesmente ignora os clusters "sujos", mas o Linux, por segurança, não ignora.
Lembre que o GNU/Linux e seu primo Unix foram pensados para servidores, e não para serem formatados duas a tres vezes ao ano.
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