agora uma duvida que eu tenho é a de como fazer para copiar os arquivos do site pra dentro do servidor linux, utilizando um pendrive ou direto de um outro computador windows para linux....
dai eu ja teria de usar o samba ne?
Não necessariamente, você poderia configurar um servidor ftp, e no windows usar um cliente ftp e enviar os arquivos de lá, essa situação e mais adequada ao seu caso.
O samba é mais usado para criar redes mista entre Linux e Windows, para poderem compartilhar recursos(arquivos, impressoras e etc).
Para copiar arquivos do pendrive, e fácil se não me engano no Ubuntu server o hal já vem instalado, se ele vier o pendrive monta automaticamente no diretório :
/media/disk
se não me engano dependendo pode ser disk-2..3 dependendo da quantidade de unidades removíveis(é assim mesmo que escreve !??).
ai você entra no pendrive
cd /media/disk
se nessa hora você tiver duvida de qual é o seu pendrive escreva cd /media e aperte TAB, e depois visualize o seu pendrive
ls
ai você pode entrar em outros diretórios
cd ...
e copiar o arquivo para o seu o diretório do apache
cp * /var/www
....
Claro que tem outros modos de você gerenciar o seu servidor, mais ai seria melhor você pesquisar um pouco pois seria meio difícil de colocar aqui todos os passos.
Lembrando que se esse servidor for aberto para a internet será essencial configurar o firewall xD.
Espero ter ajudado até agora.
Boa sorte.