Audacity! É um programa fantástico para editar áudio e está em Aplicativos->Adicionar/Remover... ou no Synaptic/apt-get, se preferir. Antes de trabalhar com MP3, é preciso acessar no programa o menu Editar->Preferências->Importar/Exportar e selecionar ou baixar a biblioteca Lame MP3, que normalmente fica em /usr/lib.
Aplicativo muito fácil de usar, porém extremamente competente.