Parece que algumas pastas e arquivos das configurações do Thunderbird têm letras minúsculas no Linux e maiúsculas no mac (acho que li isso por aí em algum lugar). Talvez se você descobrir quais são as pastas e arquivos com essa diferença e renomear os arquivos dê certo. A questão é descobrir quais são os arquivos, e fazer uma cópia separada da sua pasta do Thunderbird para poder renomear, para não correr o risco de alguma coisa parar de funcionar no seu programa do Linux.