Prezado, pelo que me passaram a versão do ubuntu 9.04 é a oficial da Canonical e o ubuntu ultimate é uma distribuição independente baseada no ubuntu.
Basicamente a diferença fica no seguinte: o utlimate já vem com uma série de pacotes, inclusive os proprietários. Esta é uma ação que não pode ser promovida pela Canonical por respeito aos direitos de propriedade.
Em fim, o 9.04 só se relaciona com o 2.3 por ser o segundo baseado no primeiro.