Eu fiz a instalação default do 8.10 e atualizei pro 9.04, faz tempo que não logo no ubuntu, vou ver qual o sistema de arquivo está.
EDIT
Pessoal, ainda não consegui descobrir o que pode estar acontecendo. No windows não acontece problema algum, não acredito que seja minha placa de vídeo porque ela sempre funcionou perfeitamente no Ubuntu, testei outro HD testei as memórias e nada, todo hardware está normal.Fui instalar o Fedora 10 e deu o mesmo problema ele trava no Live CD, pelo menos com o ubuntu eu consegui instalar.
Minha partição é ext3 e quando trava o PC só o mouse funciona, alguém conhece a solução?
RESOLVIDO:
Depois de 1 semana também começou a travar no windows, troquei a placa de vídeo e o problema foi solucionado.