Creio que deseja deixar toda a barra transparente, inclusive o que foi adicionado a ela, como lista de tarefas e determinados icones.
Nas configurações do compiz, vá na opção "Acessibilidade" no menu esquerdo e clique em "Opacity, Brightness and Saturation"
Habilite esse plugin e em seguida, clique na opção "novo".
Mude o valor que aparece para 70 (valor da opacidade, quanto maior, menor a transparencia).
Após mudar o valor para 70, no campo "Windows" digite name=gnome-panel.
Agora o gnome-panel (que são as barras de tarefas) estão 30% transparente, incluindo a lista de janelas e o que mais tiver na mesma.
Abaixo, segue o valor que deixo no campo window para incluir transparencia não só a barra, mas também aos menus, janelas, popup, etc...
(name=Vista) | (name=gimmie_applet) | (name=gnome-panel) | (type=Menu | PopupMenu | DropdownMenu | Dialog | ModalDialog)
Importante definir antes o valor 70 e definir o campo "Windows" caso use as opções acima, repare que ao clicar em "novo", o valor default é 0, isso significa que ao definir o campo "Windows", vc pode simplesmente deixar seu menu, popup e inclusive essa janela que é uma caixa de dialogo, 100% transparente. isso pode lhe atrapalhar, pois a janela vai desaparecer, assim como o gnome-panel, menus, etc... e vai ficar dificil voltar a um outro valor se não enxerga a janela com a opção necessária, então, altere o valor para 70 e depois defina o campo "Windows", a transparencia funcionará de imediato.