Tenho usado o Ubuntu 9.04 64bits com total sucesso! Só obtive vantagens na troca do 32bits para o 64bits.
Todas as aplicações que eu uso, funcionam no 64bits. Incluindo Java, Flash, Codecs Multimídias, Picasa, Opera, Skype e tudo o mais!
A única coisa que posso dizer qu e piorou, mas já era esperado, o consumo de RAM aumentou. Cerca de 200MB!
E aí Nilton, como anda Joinville! Morei aí 4 anos!